En 1792, l'abbaye est supprimée. En 1793, à la suite de la mort de Louis XVI, le député Barère demande à la Convention la destruction, à Saint-Denis, "des monuments de la féodalité et de la royauté". La Révolution s'attaque ainsi à la puissance symbolique des objets de l'Ancien Régime. La France, en guerre, a besoin de métaux pour fabriquer des armes. C'est pourquoi le toit en plomb de la basilique est fondu, ainsi que plusieurs plaques et tombeaux en métal. À Saint-Denis, ce n'est pas le peuple en fureur qui détruit, mais la Convention qui paye, en août 1793, un entrepreneur et des ouvriers pour démonter les tombeaux et en détruire certains.
À l'automne 1793, les dépouilles royales, exhumées des tombeaux de la basilique, sont placées dans deux fosses communes creusées dans le cimetière au Nord de l'abbatiale, l'actuel jardin Pierre de Montreuil. Les ouvriers, armés de pioches et de leviers, s'attaquent aux cercueils. Un procès-verbal d'exhumation des corps est dressé par un ancien moine bénédictin de Saint-Denis, Dom Poirier, qui est un témoin scrupuleux et détaché de ces journées. La première dépouille exhumée est celle d'Henri IV, dont la tête sera perdue et retrouvée des siècles plus tard. Le vert-galant est si bien conservé, momifié naturellement, qu'on l'expose, deux jours durant, contre un pilier de la crypte. Louis XIV est noir comme de l'encre. Louis XV, soigneusement enveloppé dans des linges et des bandelettes, paraît en bon état. Mais dès qu'on le souleva, le corps tout entier tomba « en putréfaction liquide ». Aujourd'hui, aucun de ces tombeaux ne contient d'ossements.
À la suite de ces évènements, l'abbatiale devient un entrepôt. Chateaubriand, dans Le Génie du Christianisme, décrit cette ruine : "Saint-Denis est désert. L'oiseau l'a pris pour passage, l'herbe croît sur ses autels brisés et on n'entend plus que les gouttes qui tombent par son toit découvert". Le souhait, non réalisé, de Napoléon Ier de s'y faire enterrer permit la restauration du monument, à partir de 1806. Il réintroduit l'exercice du culte en 1802.
Livre : La Basilique Saint-Denis et ses grands chantiers paru en avril 2022, auteur : Jean-Michel-Leniaud
Les Gisants de la Basilique de Saint-Denis, auteur : Antoine Schneck
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