À la fin des années 1920, plus de cinquante mille Nord-Africains vivent dans le département de la Seine. Cette population inquiète les autorités. Le conseil municipal de Paris crée, en 1925, une section des affaires indigènes nord-africaines rattachée à la préfecture de police. Durant la décennie suivante, alors que la France "célèbre" le centenaire de la conquête de l'Algérie, sont inaugurés simultanément la mosquée de Paris, l'hôpital franco-musulman et le cimetière musulman qui en dépend.
Le 15 septembre 1926, un premier dispensaire réservé aux femmes nord-africaines est créé rue Lecomte, dans le 17e arrondissement. Puis, en 1928, la mosquée de Paris ouvre son propre dispensaire. Cinq ans plus tard, un troisième dispensaire voit le jour rue Tiphaine, dans le 15e arrondissement. Le principe de la construction d'un hôpital "franco-musulman" est adopté à l'unanimité par le conseil municipal de Paris le 11 juillet 1929. Ce principe est entériné par le conseil général de la Seine le 9 juillet 1930. Son statut particulier en fait un hôpital départemental (ne dépendant pas de l'Assistance Publique) qui ne doit accueillir que des malades musulmans originaires des colonies françaises. Sous couvert de lutter contre la syphilis et la tuberculose, au nom de la sauvegarde de la santé publique (fléaux qui, à cette époque, touchent toutes les populations défavorisées, quelle que soit leur origine) l'assistance médico-sociale aux travailleurs coloniaux devient un outil de surveillance de cette population aux contours flous.
En 1933, le conseil municipal de Paris déclare que « le contrôle minutieux et constant de la main-d'œuvre nord-africaine » s'impose. Il continue par cette interrogation : « Imagine-t-on ce que serait cette masse confuse, anonyme, s'il était impossible d'isoler, de repérer avec sûreté, les unités qui la composent ? » Les dispositions particulières de la construction de l'hôpital franco-musulman, renvoyant « aux mœurs, rituels, traditions et cultures musulmans », justifient pour les concepteurs la création d'une institution particulière, aux modalités et dispositions « spécifiques ».
Paris refusant d'accueillir une telle structure sur son territoire, le site de Bobigny est retenu. L'hôpital est l'œuvre de deux architectes de renommée pour leurs nombreuses réalisations parisiennes. Il s'agit de Léon Azéma, coauteur du Palais du Trocadéro et du centre de tri Paris-Saint-Lazare, et de Maurice Mantout, architecte de la mosquée de Paris. Tous deux ont été prix de Rome en 1921. Dans le cahier des charges des deux architectes, il est mentionné qu'ils doivent « donner aux constructions, sans entraîner pour cela un supplément de dépenses et tout en restant sobre, le caractère propre à l'architecture musulmane. » Construit dans un cadre de verdure de 8 hectares, le bâtiment présente effectivement une architecture soignée de type mauresque, notamment l'entrée monumentale qu'il faut franchir pour pénétrer dans l'hôpital. Le bâtiment central fait le lien entre tradition orientale et modernisme occidental.
Il est, en principe, demandé au personnel d'avoir des notions d'arabe et de berbère. Trois leçons d'une heure chacune pour les langues et une heure et demie de cours pour une meilleure connaissance de l'histoire, de la géographie et des coutumes musulmanes sont dispensées aux infirmières. Bardées de ce micro-bagage, elles sont sensées « comprendre plus facilement la mentalité musulmane ». Les médecins qui y exercent ont, pour la majorité d'entre eux, une attache avec l'Afrique du Nord. Les pratiques alimentaires et religieuses y sont strictement respectées. L'hôpital franco-musulman est inauguré le 22 mars 1935 et n'accueille que des hommes. Il comporte alors 300 lits. Cet hôpital est rattaché à l'Assistance Publique-Hôpitaux de Paris en 1962. Après le constat de sa sous occupation, l'équipement est ouvert aux femmes puis, à toute la population de la région. En 1978, l'hôpital Franco-Musulman devient l'hôpital Avicenne (980-1037), du nom d'une grande figure du monde musulman, médecin, philosophe, poète et musicien. Il est l'auteur du « Canon de la médecine », synthèse des connaissances médicales de son temps, et de « Al-Shifa : le livre de la guérison, encyclopédie philosophique ». Il a contribué, avec Averroès, à faire connaître Aristote et la pensée grecque dans les facultés européennes durant tout le Moyen-âge. Avicenne est mort d'une maladie d'estomac, après avoir abusé du travail mais aussi de tous les plaisirs de la vie.
Les malades qui arrivent au Franco-Musulman sont des travailleurs pauvres, de ceux qui s'entassent dans les bidonvilles de la banlieue parisienne. On meurt beaucoup dans cet hôpital et la ville de Bobigny refuse de prendre en charge les inhumations dans son cimetière, déjà trop exigu pour sa propre population. De plus, nul ne peut prendre en charge les frais de ces hommes sans famille. En outre, le rite musulman exige des spécificités auxquelles le cimetière communal ne peut répondre. Un décret présidentiel autorise la création d'un cimetière réservé exclusivement aux hommes décédés au Franco-Musulman. Le terrain choisi est à deux kilomètres de l'équipement médical, au lieu-dit de la Haute-Borne. Son statut est privé et il est géré par l'hôpital.
La conception du cimetière est confiée à l'architecte Edouard Crevel. D'inspiration mauresque, comme l'hôpital, on y accède par une porte en bois s'inscrivant dans un arc brisé. Ouvert en 1937, le cimetière est inauguré discrètement par un délégué du préfet de la Seine et du maire de Bobigny, en présence du Résident général en France de Tunis. Les premières sépultures, marquées de l'étoile et du croissant, témoignent du jeune âge des défunts (moins de 50 ans) mais les progrès médicaux se retrouvent aussi sur les pierres tombales, désormais plus proches des styles funéraires européens. Le cimetière s'ouvre peu à peu aux musulmans décédés hors de l'hôpital, et les familles ne sont plus obligées d'envoyer leurs défunts dans leur pays d'origine. Ils peuvent, eux aussi, se faire inhumer dans cet endroit où il est possible de respecter les rituels.
En 1997, le cimetière musulman abandonne son statut privé au profit des communes d'Aubervilliers, Bobigny, Drancy et La Courneuve, et de nouveaux espaces y sont aménagés. Ce lieu conserve le témoignage de l'intégration des travailleurs nord-africains grâce à des noms aussi connus que celui de la princesse Selma (1916-1942), au destin raconté par sa fille dans un roman - De la part de la princesse morte, traduit dans une vingtaine de langues - du Kabyle Mohamed Adjani (1923-1983), venu en France pour s'engager dans l'armée et père d'une célèbre Isabelle, ou Akber Aga Cheikh Ul-Islam (1891-1961), ministre des Affaires étrangères de l'Azerbaïdjan qui représentait son pays lors de la Conférence de paix de Versailles en 1919. Le cimetière musulman de Bobigny est l'un des rares éléments actuels du patrimoine de l'histoire de l'immigration en France. Il est inscrit à l'inventaire supplémentaire des monuments historiques depuis 2006.
En même temps que le cimetière, une mosquée est créée dans son enceinte. Il s'agit en fait d'une simple salle de prières, mais elle permet d'observer les rituels propres aux inhumations musulmanes. On y accède, comme pour l'hôpital, par une entrée constituée d'un arc mauresque agrémenté d'un portail clouté et ouvrant vers la salle de prières située à l'intérieur du cimetière. De la terre de La Mecque y a été déposée afin que les musulmans puissent être enterrés en terre sacrée. Après la concession du cimetière au syndicat intercommunal, la mosquée est restée la propriété de l'Assistance publique. Il existe cinq lieux de prières pour les musulmans à Bobigny, essentiellement situés dans des foyers ou des caves. Le plus important demeure celui du foyer Sonacotra, situé dans le quartier Hector Berlioz. Près de 800 fidèles s'y rendent pour la prière du vendredi, mais son exiguïté oblige près de la moitié d'entre eux à prier à l'extérieur. De plus, seule la salle de prière du cimetière de l'hôpital Avicenne permet de recevoir un petit nombre de femmes. Les musulmanes n'ont donc souvent d'autre choix que de prier chez elles.
L'Association Culturelle des Musulmans de Bobigny (l'ACMB, régie par la loi de 1901) lance, en 1997, l'idée de la construction d'une véritable mosquée dans la ville. En 2002, les musulmans de Bobigny créent l'AMB. L'Association des Musulmans de Bobigny est régie, quant à elle, par la loi de 1905, ce qui lui permet d'être porteuse du projet. En octobre 2004, l'AMB signe avec la municipalité un bail emphytéotique pour un terrain de 2.280 m2 situé en centre ville où seront construits une mosquée et un centre culturel. Cette mosquée qui, dans un premier temps, ne comportera pas de minaret, pourra accueillir 1500 fidèles. La première pierre a été posée le 26 mai 2006 mais sa construction étant soumise aux dons des fidèles, nul ne sait quand cette mosquée sera terminée.
La première véritable mosquée de Seine-Saint-Denis a été inaugurée à Bondy en 2005. Depuis, d’autres projets d’édifices ont été concrétisés comme à Tremblay-en-France où la mosquée, commencée en 2005, a été inaugurée en 2011. La première pierre de la Grande Mosquée de Montreuil a été posée le 30 décembre 2006 et les travaux terminés en 2010 ; et à Bagnolet, la mosquée avec minaret, dont les façades surplombent le boulevard périphérique, a été inaugurée en 2013.
Au Pré-Saint-Gervais un projet de centre cultuel associé à un pôle culturel a été lancé grâce à une proposition de terrain par la municipalité. Le permis de construire est accordé en 2012, mais le financement des travaux de la partie cultuelle, pris en charge en totalité par les fidèles de l’actuel lieu de prière, ne sont pas terminés car les fonds n’ont pu encore être réunis en totalité.
Au Blanc-Mesnil, le gros œuvre du futur édifice religieux est terminé, tandis qu'à Clichy-Montfermeil, les associations de fidèles musulmans sont en quête d'un terrain. Plusieurs projets visant à remplacer des lieux trop petits, vétustes, voire insalubres, sont en cours dans diverses villes du département comme à Stains et à Saint-Denis où des projets sont en préparation.
Toutefois, il est possible de pratiquer le culte musulman à la mosquée de Villepinte, près de la gare du Vert-Galant, à la mosquée de la Rose-des-Vents, rue Auguste Renoir à Aulnay-sous-Bois, ou à Sevran, chemin de Savigny.
Il est possible de visiter le cimetière musulman de Bobigny et l'hôpital Avicenne parmi les activités à faire à Bobigny.